خلبانی از دوران کودکی خود می گوید. دورانی که بزرگترها او را درک نمی کردند. او ابتدا نقاشی یک مار بوآ را می کشد و ادعا می کند بیشتر بزرگترها آن را یک کلاه می بینند سپس همان ما را با فیلی در دهان به تصویر می کشد. هواپیمای خلبان در بیابان خراب شده و او دست-تنها مشغول تعمیر آن است که کودکی از او می خواهد برای او یک گوسفند بکشد. خلبان سه نقاشی می کشد ولی کودک هیچ-یک را نمی پسندد. سرانجام خلبان صندوقی با سه سوراخ می کشد و ادعا می کند که گوسفند توی آن است. کودک این نقاشی را می پسندد.
کودک از سیاره ی دیگری آمده است. نویسنده شرح می دهد که کاشف سیاره که ستاره شناس آماتوری از ترکیه بوده چگونه به خاطر نوع لباس متفاوتش برای ثبت کشفش مشگل داشته است. به هر روی کودک (=شاهزاده کوچولو) در سیاره اش گل سرخی داشته که عاشقش بوده است ولی روزی از او و بهانه هایش خسته می شود و سیاره را ترک می کند. در مسیر سفر به سیاره های خرد زیادی می رود که در هر یک تنها یک نفر می زیسته به ترتیب زیر:
- یک شاه که فکر می کند شاهزاده کوچولو برای خدمت به او آمده است
- یک ستاره که گمان می کند شاهزاده کوچولو برای ستایش او آمده است
- یک همیشه-مست که مدام تکرار می کند: «می نوشم که فراموش کنم شرمسارم از اینکه می نوشم»
- یک بیزینسمن
- کسی که کارش روشن و خاموش کردن چراغهای خیابان است
- یک جغرافی-دان پیر که به او پیشنهاد می کند به زمین سفر کند
شاهزاده کوچولو در زمین به یک مار، یک گل صحرایی، کوهستان و یک باغ گل می رسد. با دیدن باغ گل در می یابد که تک-گل سرخی که دارد او را شاهزاده نمی کند. اوج داستان در برخورد او با روباهی است که از او می خواهد اهلی اش کند. شاهزاده کوچولو می پرسد: «اهلی کردن یعنی چه؟» روباه توضیح می دهد که با اهلی کردن علاقه ایجاد می شود و اینکه اگر کسی حیوان یا گیاهی را اهلی کند نسبت به او وظایفی دارد. روباه می گوید تا پیش از اینکه مرا اهلی کنی من روباهی هستم مانند سایر روباهها ولی پس از آن با بقیه فرق دارم چون فقط من انتظار تو را می کشم. شاهزاده کوچولو اینجا تفاوت و اهمیت گل خودش را نسبت به گلهای آن باغ درک می کند و تصمیم می گیرد به سیاره اش بازگردد.
خلبان سرانجام هواپیمایش را تعمیر می کند. شاهزاده کوچولو هم از ماری می خواهد که او را نیش بزند. او نمی خواهد بمیرد ولی این تنها راه خروج از زمین و بازگشت به سیاره اش است. در تمام کتاب، تأکید زیادی بر ناپیدا بودن حقیقت وجودی هست. نمونه های نقاشی بوآ و گوسفند توی صندوق نمادهای زیبایی هستند. در جریان گفتگوی روباه و شاهزاده کوچولو هم بر این نکته صحه گذاشته می شود که برای دیدن زیبایی درونی چشم به کار نمی آید و قلب باید به کار افتد.